Обычно проверка проходит достаточно быстро: на email владельца домена приходит письмо с ссылкой для подтверждения, что это именно он оформил заказ на сертификат.

Адрес электронной почты обязательно должен быть связан с доменом, для которого выполняется заказ SSL. Например, если вы заказываете сертификат для домена site.ru, на этапе Email для подтверждения вы сможете выбрать только один из следующих адресов:
admin@site.ru
administrator@site.ru
hostmaster@site.ru
postmaster@site.ru
webmaster@site.ru

Инструкция по добавлению почтового домена, почтовых ящиков и настройка почтовых клиентов.

Большинство заявок на подтверждение домена для получения SSL-сертификата обрабатываются в автоматическом режиме. Но иногда центры сертификации могут обрабатывать некоторые заявки и вручную, поэтому время оформления сертификата может быть больше обычного (обычно заявки обрабатываются в течение 10 минут).