Некоторым фреймворкам, таким, как Zend или Symfony, для корректной работы нужна своя структура каталогов, отличающаяся от того, что принято использовать на хостинге.

В ISPmanager есть возможность изначально задать для сайта другую директорию, к примеру: /domain.name/web/

Для этого при создании WWW-домена в поле Корневая папка значение auto замените на путь к папке, пример на скриншоте:
w251